Является одним из основных структурных подразделений университета. Учебный отдел создан с целью организации образовательного процесса по программам высшего образования и обеспечения условий его совершенствования. Выполняет задачи по планированию и организации учебного процесса по всем формам обучения, разработке нормативной документации по учебной и учебно-методической работе, диагностике учебного процесса, статистической обработке результатов аттестаций, составляет сводные статистические отчеты вуза о движении контингента студентов, годовой отчет вуза по учебно-методической работе.

В учебный отдел сходятся и с его непосредственным участием решаются все проблемы по подготовке и утверждению учебных планов, графиков учебного процесса. Учебный отдел готовит пакеты документов по лицензированию, аттестации и аккредитации вуза, подготавливает материалы по рейтинговой оценке университета и специальностей, контролирует планирование и выполнение учебной нагрузки профессорско-преподавательского состава.

Учебный отделв своей работе тесно взаимодействует с факультетами и кафедрами, Учебно-методическим советом, редакционно-издательским отделом, информационно-техническим центром и др. Это позволяет повысить качество управленческо-организаторской деятельности.

Является совершенствование и эффективное планирование, организация, управление и контроль учебного процесса в МУКР на основе совместной деятельности руководящего, профессорско — преподавательского состава, учебно-вспомогательного, административно — хозяйственного персонала и обучающихся по подготовке высококвалифицированных специалистов на основе кредитной технологии в соответствии со Стратегией развития образования в Кыргызской Республики на 2012 – 2020 годы.