В Международном университете Кыргызской Республики проводится обучение по системе двойных дипломов по программам бакалавриата и магистратуры. МУКР осуществляет сотрудничество с университетами и международными организациями в области образования, а именно по программам двойных дипломов. При обучении студентов МУКР по системе двойных дипломов все результаты обучения передаются в ВУЗ – партнер, соответственно результаты обучения в ВУЗах –партнерах регистрируются и засчитываются в МУКР. По окончании успешного обучения, студентам выдается диплом МУКР и диплом ВУЗа – партнера.