Высшая школа бакалавриата и магистратуры является учебно-научным, административным подразделением Учреждения «МУКР» и реализует профессиональные образовательные программы высшего, послевузовского и дополнительного профессионального образования по одному профилю или нескольким схожим направлениям и специальностям, проводит научно-исследовательскую деятельность в соответствующих областях науки.

Программа рассчитана на выпускников вузов, имеющих степень бакалавра или диплом специалиста, нацеленных на построение карьеры или развитие собственного бизнеса и мотивированных к серьезной учебе.

Содержание образовательных магистерских программ соответствует требованиям государственных образовательных стандартов высшего образования Кыргызской Республики. По завершению обучения выпускники получают дипломы КР государственного образца.
В магистратуре существенная роль отведена самостоятельной работе студента - выполнение множества трудоемких самостоятельных заданий, научно-исследовательская работа в семестре, выполнение магистерской диссертации, а также прохождение практики.