Образовательная деятельность в университете организована в соответствии с требованиями государственных образовательных стандартов Кыргызской Республики, а также основными положениями Болонского соглашения. Тем самым создаются условия для интеграции университета в единое образовательное пространство стран СНГ и дальнего зарубежья.

В настоящее время ведется подготовка по 14 направлениям бакалавриата, 7 направлениям магистратуры, и по 2 направлениям PhD.
В университете действует Высшая школа государственного и общественного управления (ВШГОУ), где реализуется программы дополнительного профессионального образования, повышения профессиональной квалификации, педагогического, психологического и методологического мастерства преподавателей и сотрудников МУКР, а также других вузов Кыргызстана.
В 2016 году в университете внедрена программа двойных дипломов согласно подписанным договорам и соглашениям с зарубежными партнерами Европы (Болгария, Словакия, Италия, Швейцария, Латвия, Польша, Беларусь, Россия) и Азии (Индии, Турции, Китай)
Информация об основных образовательных программах высшего образования, реализуемых в университете в соответствии с государственными образовательными стандартами третьего поколения, представлена в таблице.