Порядок организации и проведения научно-исследовательской деятельности в Учреждении Международный университет Кыргызской Республики регламентируется Положениями о НИР, НИРС, Положениями о структурных подразделениях; определяется годовыми планами научно-исследовательской деятельности вуза.

Вопросы научно-исследовательской работы отражены в Положениях о кафедрах, отдельным разделом включены в индивидуальные планы работы профессорско-преподавательского состава Международного университета Кыргызской Республики на учебный год.

Ежегодно Международный университет Кыргызской Республики планирует и успешно реализует ряд задач, направленных на развитие научно-исследовательской деятельности.

Результаты данной работы находят своё отражение: в реализации научно-исследовательских проектов, осуществляемых вузом и его кафедрами; в организации, проведении, участии научно-практических международных; региональных и национальных конференций, круглых столов, научных семинаров, собирающих в стенах вуза как опытных преподавателей и практических работников, так и молодых преподавателей, аспирантов, магистрантов и студентов; в опубликованных статьях, учебных пособиях, монографиях и т.д. Университетом на постоянной основе проводятся гостевые лекции, с приглашением экспертом по разным направлениям научно-практической деятельности.

В Международном университете Кыргызской Республики 16 октября 2018 г. был открыт Кыргызско-Белорусский образовательно-научный центр. Данный центр создан в рамках партнерства между Международным университетом Кыргызской Республики и Витебским государственным университетом имени П.М. Машерова и дальнейшего расширения возможностей в подготовке специалистов с высшим образованием на территории Кыргызской Республики под эгидой Витебского государственного университета им. П.М. Машерова.

Основные направления в деятельности Центра ориентированы на подготовку и реализацию совместных образовательных, научно-исследовательских и инновационных проектов, а также создание совместной программы «Двух дипломов», обмен студентами с целью расширения академической мобильности, профессорско-преподавательским составом университетов для чтения лекций. Данные сферы деятельности Центра будут способствовать созданию благоприятных условий для дальнейшей интеграции высшей школы в глобальное образовательное пространство.

Деятельность инновационного образовательно-научного центра направлена на предоставление качественного образования на основе современных требований, стандартов и технологий.

Международный университет поддерживает молодежную политику государства, с учетом, что молодежь является одним из общественно активных слоев населения, имеющим важный потенциальный вес в перспективе. Студенческая молодежь активно участвует в научно — исследовательской работе совместно с ведущими учеными университета. Действуют студенческие научные общества и кружки, ежегодно в университете проводятся студенческие конференции, семинары, предметные олимпиады, республиканские конкурсы научных работ по естественным, техническим, социально — гуманитарным и экономическим наукам.